ArmA III è ambientato nella metà degli anni 30 del XXI secolo. Le forze NATO - schierate sulle isole greche del mar Egeo - stanno svolgendo un'operazione di mantenimento della pace in un'area delicata al confine tra i paesi NATO e l'alleanza CSAT, comprendenti i Paesi mediorentali e la Cina. Durante la prima campagna in giocatore singolo, l'utente vestirà i panni di un soldato dell'esercito americano, il Caporale Kerry. La campagna è composta di 3 capitoli: Survive(Sopravvivi), Adapt(Adattati), Win(Vinci). Nel primo capitolo, Survive, il giocatore dovrà sopravvivere dopo che le forze alleate sono state sconfitte e l'operazione NATO è fallita. Nel secondo capitolo Adapt, disponibile dal 21 gennaio 2014, il giocatore dopo essere sbarcato sull'isola maggiore (Altis), si unirà alla FIA per cercare di sconfiggere le forze dell'AAF, aiutate dalla CSAT. Nel terzo capitolo Win la NATO contrattacca e riconquista Stratis, il giocatore si ricongiungerà alla NATO e parteciperà ad una serie di operazioni che riporteranno progressivamente alla riconquista dell'isola principale. I finali del gioco sono due e saranno decisi dal comportamento del giocatore nelle fasi finali del gioco.

Fazioni	
NATO: Si difende disperatamente contro CSAT, nel tentativo di invertire l'esito della guerra.

CSAT: Canton-Protocol Strategic Alliance Treaty, le forze orientali guidati da Iran; occupano Altis.
AAF: Altian Armed Forces, la forza locale dell'isola.
FIA: Freedom Island Alliance, una milizia di resistenza; è alleata con la NATO.
I civili: Residenti greci coinvolti nel conflitto.