أخطار الأوميجا 3 على الرغم من كل الفوائد التي تم ذكرها عن استخدام الأوميجا 3 في علاج العديد من الأمراض، ولكن فرط الاستخدام في الأوميجا 3 يسبّب حدوث نزيف داخلي، هذا إلى جانب أن استخدام الأوميجا 3 إلى جانب استخدام عقاقير أخرى قد يسبّب حدوث بعض التفاعلات الغير مرغوب بها، كما أنّ تناول الأوميجا 3 على شكل أقراص، وتناول الأطعمة الغنية بالأوميجا 3 قد يسبّب فرط كميّة الأوميجا 3 في الدّم، الأمر الذي قد يسبب حدوث أمراض مختلفة في الجسم.