Świadectwem wielkiej erudycji Mikołaja jest wielka biblioteka, którą założył w rodzinnym mieście razem ze szpitalem i kaplicą, gdzie pochowane jest jego serce. Fundusze na budowę szpitala Kuzańczyk uzyskał w 1450 z beneficjów papieskich, a w 1459 objął nad nim patronat dzięki wydanej specjalnie w tym celu bulli Piusa II. W bibliotece znajdowało się co najmniej 270 manuskryptów, przede wszystkim filozoficznych i teologicznych, z których wiele Kuzańczyk zgromadził w czasie swoich podróży. Z dzieł starożytnych biblioteka posiadała pisma Cyryla z Aleksandrii, Grzegorza z Nazjanzu, Bazylego, Orygenesa, Tertuliana, Hieronima, Cypriana, oraz Ambrożego. Liczne były w niej pisma św. Augustyna, biblioteka posiadała także pisma Pseudo-Dionizego O Teologii Mistycznej i O Hierarchii Niebieskiej w tłumaczeniu Roberta Grosseteste'a. Z pism filozofów pogańskich w zbiorach Kuzańczyka znajdowały się dzieła platońskie – komentarz Chalcydiusza do Timajosa, przekład Elementow Teologii Proklosa, tłumaczone przez Wilhelma z Moerbecke komentarze do Parmenidesa i Timajosa. Bogaty był także zbiór pism Arystotelesa, obejmujący cały Corpus w przekładzie Ambrożego Travesari oraz tłumaczenia najnowsze – Retorykę Filelfa i Metafizykę Bessariona. Spośród dzieł średniowiecznych w bibliotece znajdowały się pisma Eriugeny (przynajmniej pierwsza księga Periphyseonu), Teodoryka z Chartres, Sentencje Piotra Lombarda, komentarze św. Bonawentury, pisma Dunsa Szkota i innych autorów franciszkańskich, dzieła mistyczne Hildegardy z Bingen i Mistrza Eckharta. Nieobca Kuzańczykowi była także myśl tomistyczna, posiadał bowiem kopie Sumy teologicznej i Summa contra gentiles. Zaskakuje natomiast w bibliotece Kuzańczyka niemal całkowity brak pism współczesnych autorów scholastycznych, prócz polemiki heidelberskiego teologa Jana Wencka z De docta ignorantia. Mikołaj nie był związany z kręgiem scholastyki niemieckiej, współdziałał natomiast z humanistami Rzymu i Florencji, którym patronował papież Mikołaj V – takimi jak Bessarion, Filelfo, Alberti, Brunelleschi, Jerzy z Trapezuntu, a zwłaszcza Toscanelli, jego główny współpracownik w studiach nad matematyką starożytną.
