La flavescence dorée est identifiable par observation simultanée de plusieurs symptômes sur un même rameau : une coloration du feuillage (rougissement sur cépage rouge, jaunissement sur cépages blancs), un bois mal ou non aoûté, une mortalité des inflorescences ou un flétrissement des baies.
Ces symptômes sont localisés sur une partie de la souche ou concernent la totalité du cep. Il existe aussi des variabilités selon :
l'importance de la maladie,
la vigueur du pied (état de stress hydrique ou de carence,...),
le cépage (cabernet sauvignon et sauvignon, par exemple, sont très expressifs alors que merlot et sémillon sont peu expressifs).
L'observation simultanée de ces symptômes fait présumer de la présence de la flavescence dorée. Malgré tout ce diagnostic visuel doit être confirmé par un test de laboratoire (Test ELISA, PCR) réalisé par le SRPV (Service Régional de la Protection des Végétaux). En effet d'autres maladies à jaunisses peuvent se manifester par des symptômes similaires.
Les symptômes ne sont pas visibles l'année de l'infection (N), ils le seront au plus tôt l'année suivante (N+1) et parfois beaucoup plus tard (N+5). En conséquence des pieds apparemment sains peuvent héberger le phytoplasme et extérioriser des symptômes plus tard. De plus les vignes mères porte-greffe n'expriment pas de symptômes, les contrôles par sondage sont donc susceptibles de laisser échapper dans la nature des plants infectés.
