Ja radzę sobie z tym w ten sposób, że w programie MediaInfo sprawdzam opóźnienie ścieżki dźwiękowej względem obrazu, potem w programie tsMuxer wpisuje tą wartość opóźnienia w zakładce "General track option" --> Delay (in ms) ... i wpisujesz. Przeważnie pomaga. Często też zmieniam FPS na 25, ale głównie zmieniam ten Delay.
Program MKV2VOB niestety nie ma takich funkcji (chyba, że ja nie umiem korzystać) więc według mnie wyklucza się pisanie takiego czegoś w jego temacie
